На территории заказника обитает около сотни редких и охраняемых растений Калининградской области, среди которых такие виды как лилия саранка Lilium martagon, аконит пёстрый Aconitum variegatum, гроздовник полулунный Botrychium lunaria, синюха голубая Polemonium caeruleum, пальчатокоренник Фукса Dactylorhiza fuchsii, наперстянка крупноцветковая Digitalis grandiflora и другие. Леса Виштынецкой возвышенности до сих пор остаются единственным местом обитания рыси в Калининградской области.